Gaussian 09理論計算 35K - 3C

※ 引述《stupidfox (笨鮪魚)》之銘言：
: 預定購買處： 台中
: 已買/未買/已付訂金（元）： 未買
: 預算：35k
: 用途：Gaussian 09理論計算
: CPU (中央處理器)：Intel Core i7-3820 $9,450
: MB (主機板)：
: RAM (記憶體)：金士頓 DDR3-1600 8G(四條) $1650 *4 =6600
: (八條也可) $1650*8 =13200
: VGA (顯示卡)：沿用技嘉7770
: HDD (硬碟)：W.D-1TB 7200轉 SATAIII (raid 0) $2500*2 =5000
: DVD-RW (燒錄機)：沿用
: PSU (電源供應器)：沿用多的x560
: CHASSIS (機殼)：CM 690 II advance
: MONITOR (螢幕)：沿用
: 總價 (未稅/含稅)：21050
: 問題一：不知道用哪張主機板= ="

asus p9x79 最便宜那張即可

: 問題二：理論計算用的ram需要那麼大嗎??

看你計算使用的 method / basis set 大小及 model 中原子的數量

除非你所模擬的 model 有辦法用 incore 跑

(所有積分值都放在記憶體中, 不寫入到 rwf 檔),

不然 SSD 所縮短計算時間效益大於增加 ram 的效益...

: 問題三：Gaussian很吃I/O，但是計算出來的檔案容量很大，
: 所以我選擇HDD RAID 0而不是SSD

為何不用 SSD + raid 0 ?

以 glycine + 8 h2o 的 model 來說,

跑一個 CCSD(T)/6-311++G**　level 下的 single point,

用 128GB SSD*2 (raid 0) 在 i5-3470 下要跑 16 天,

rwf 檔案大小約 170 GB,

1UAO (pdb code, 140 個 atom, 以 H, C, N, O 為主)

在 B3LYP/6-31G** 下跑 freq. 約三天左右,

rwf 檔案約 148 GB,

而原本用 500 GB HDD*3 (raid0) 的機器上要跑 7 天,

目前跑過最久的 job 是 C256 的 carbon nanotube 在 B3LYP/6-31G* 下的 freq.

一次要跑 3 個月, 500GB*6 (在 LSI raid 卡上組建的 raid 0)

rwf 檔案... 因為實在跑太久, 沒時間去注意最大檔案大小..



不過以 SSD 組建 raid 0 仍然有缺點!!

用力操的話, 大約半年要送修一顆 SSD...

目前遇到的狀況都是計算到途中 raid 會變成 read only,

job 會被迫中斷...

在補充一下, 中斷後,

有些可以 restart 的計算,

把 checkpoint file (*.chk) copy 回來再重新執行 g09 就可以接續下去未完成的 job.

(當然 input file 的 keyword 也要修正成從 chk 檔讀取才行)



最重要的一點, 千萬不要在 SSD 做 raid 0 上安裝 OS!!!

SSD 做 raid 0 只是單純加速寫入跟讀取 rwf 檔的功用...


以上淺見供您參考

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