msysgit和cygwin - Linux

請問我有一份source code使用git存放檔案，

該程式需在windows下使用scons編譯，電腦環境使用的是win7

用msysgit抓下的檔案可以編譯，但是用cygwin裡的git抓下的

程式碼則會發生錯誤，用比較軟體(winmerage)比不出差別，但是我慢慢試

最後發現是執行scons的一個bat檔有問題，拿msysgit裡的換掉cygwin裡的

就可以成功編譯，一開始猜是換行造成，但是此兩個檔案的MD5的值卻相同，

我現在完全不知道到底是什麼原因造成無法成功編譯，不知道有人沒人

有什麼想法？

PS1. 該錯誤是scons執行時，會發生的subprocess相關的例外。
PS2. 更神奇的是換bat檔案時，直接複製貼上，然後選擇取代檔案還不行，
要先把檔案砍掉，然後再貼上，才可以成功諞譯。

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