上限50K 實驗室計算主機 - 3C

※ 引述《powernba (蝶戀之風)》之銘言：
: 已買/未買/已付訂金（元）：未買
: 預算/用途：實驗室計算主機-Gaussian09 on Linux
: CPU (中央處理器)：Intel I7-5930K (Haswell-E)
: MB (主機板)：華碩 X99-M WS
: RAM (記憶體)：金士頓 16G DDR4-2133 Ecc Reg X4
: VGA (顯示卡)：影馳 Galax GT610 1GB(1G DDR3) (能顯示就好，不強求)
: HDD (硬碟)：WD 2TB (20EZRZ) 64M/5400轉
: PSU (電源供應器)：台達 550W 80+白金牌/全日系/LLC+DC-DC/五年保/二年
: CHASSIS (機殼)：視博通 小尖兵 顯卡長27/風扇高17/SSD*2/M-ATX
: http://www.coolpc.com.tw/tmp/1471338279115968.htm
: 總價 (未稅/含稅)：49640元

: CPU (中央處理器)：Intel Xeon E5-2620 V4【八核】2.1G(↑3.0G)/20M/無內顯
: MB (主機板)：華碩 X99-M WS(M-ATX/X99
: RAM (記憶體)：金士頓 16G DDR4-2133 Ecc Reg X4
: VGA (顯示卡)：影馳 Galax GT610 1GB(1G DDR3) (能顯示就好，不強求)
: HDD (硬碟)：WD 2TB (20EZRZ) 64M/5400轉
: PSU (電源供應器)：Antec EDGE 550W 80+全模組金牌/全日系
: CHASSIS (機殼)：視博通 小尖兵 顯卡長27/風扇高17/SSD*2/M-ATX
: http://www.coolpc.com.tw/tmp/1471338831113053.htm
: 總價:44770元

: 大家好~
: 這次是實驗室要買計算主機，這是我花一點時間去查benchmark所得到的菜單
: 比較讓我在意的是主機板，不曉得有沒有更好的選擇@@?
: 至於顯卡的話能看就好，裝完Linux大概就不會在接螢幕了。

lab 主攻 CCSD(T) or 大體系 DFT 計算,
建議將 scratch file 放在 SSD (raid 0) 上,
可減少滿多的 I/O 的時間

舉個個人的例子, 在 128GB SSD x2 raid 0 的環境下,
以 b3lyp/6-31G** 計算 150 顆原子
(只有 CHNO, charge = 0, multiplicity = 2, 無金屬原子)
freq 的計算大約是從 7 天 縮減成 3 天,
scratch file 的大小約 140 GB 左右

如果 lab 有架 pc cluster,
computing node OS 的硬碟用 500GB 足矣,
計算的 output file 靠 NFS 直接存在 head node 上

回到正題, i7-5930k 不支援 ECC ram,
而且我記得 gaussian 的平行化效率並不好,
個人認為 i7-5930k + non-ECC ram + SSD (raid 0) 可以搾出最大 CP 值
至於原po問的主機板, 我覺得最便宜可以用就好了 XD
gaussian 計算瓶頸不在主機板上

題外話,
1. 編譯 gaussian 建議用 intel fortan complier + intel MKL,
比 gcc 編出來的版本, 跑 job 的效率最多可以快 1.5 倍

2. 管理/監控 lab 的 PC cluster 可以用 Nagios + cacti + telegram-cli,
computing node 發生問題可在第一時間發送 alert 至手機,
當然, job 完成時也可以透過 telegram 發送通知

以上個人小小心得分享


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