刪不掉的16GB佔用空間 - 儲存設備

小弟載了一款遊戲，好像因為裝了網路上一些玩家自製的MOD有衝突，
發生了一些問題。

第一次發生時是發現遊戲資料夾內調整設定的檔案消失，導致我無法調整遊戲解析度，
於是我想說移除重新裝就好了，
結果發現資料夾都空了卻刪除不了(我有打開顯示隱藏資料夾)，
也無法再次安裝遊戲在這個資料夾，
跳出的錯誤訊息大概是"找不到xxx檔案"
而這個xxx檔案就是消失的那個檔案。

然後我爬了各種方法，什麼改資料夾權限；強制移除軟體；各種CMD指令，
這些都試過了，
也試過格式化，可是不管怎樣都是硬碟使用中，沒辦法格式化，
明明整個硬碟都清空了，只剩下那個刪不掉裡面沒東西的資料夾，
但硬碟就是會有16GB的已使用空間，
最後誤打誤撞，用磁碟分割軟體亂搞"好像"有成功讓占用的16GB消失，
但過程中也發生不少不解的事；
例如我想說既然砍不掉，那我就直接刪除磁碟區，
沒料到刪除後，原本占用的16GB空間從D槽轉移到C槽...
總之最後怎麼成功的我也搞不清楚。

然後今天又發現那個檔案不見了，於是又重新安裝一次，
果不其然一樣的事情又發生了，
要刪除資料夾時會跳出"0x80070091 目錄不是空的"的錯誤。
然後我做了一個實驗，
我的硬碟是兩顆SSD，一個C槽一個D槽，
我想說16GB在D槽的時候，關機把D槽硬碟的SATA線拔掉看看，
沒想到竟然會自己轉移到C槽...

總之整個晚上被這件事情搞到快瘋掉了，
上面提到"好像"成功是因為，
我發現我把C槽所有資料夾框起來看佔用空間，
會發現C槽已使用空間比全部資料夾加起來的佔用空間多了10GB左右，
這是一件正常的事嗎?(有顯示隱藏檔案)

我的硬碟是Intel 520 240GB + 美光 MX200 250GB
我的問題不是GB轉GiB那種，
現在在想重灌是不是唯一解了~_~

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