2000 professional sp4安裝問題~ - Windows

今天殺掉xp重灌2000的時候，當我剛灌完第一次要進windos時
系統有檢查過我的g槽，也就是我放一些工具的槽
結果有自動給我殺掉一些程式的樣子，
因為它有顯示deleting ***，有刪除一整串的東西
還有顯示什麼inserting ***.index之類的字，也是一大串
之後我的g槽有一些程式就無法執行了，
像是msn的安裝檔或是顯示卡的driver都沒辦法執行。
還有些是整個檔案直接不見，像是flashget1.71就整個資料夾不見了。
後來我再灌xp，除了之前被刪掉以外的程式又都可以用了。
xp也有檢查過一次g槽，不過不是第一次進xp的時候檢查的，
是在後來數次重開機的某次開機中突然就檢查g槽了。
我的主機裝兩顆硬碟，一顆是160g，一顆是60g
第一顆硬碟是c、e、f、g槽，都為ntfs格式，c槽分割13.9g
第二顆硬碟是d、h、i、j槽，只有d槽是ntfs格式。
主機版是k7vax-10，不曉得跟bios有沒有關係，我沒更新過。
我在安裝2000格式化c槽的時候，c槽的容量大小好像是1萬3千多M的樣子，
比安裝xp格式化c槽的時候看到的容量還小。
有可能是因為2000抓不到完整的硬碟，所以會破壞到g槽的一些檔案嗎？
希望有人可以幫我解答一下。感激不盡。
系統分別是xp sp1跟2000 professional sp4

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